在肉鴨的飼養過程中，要做好鴨病毒性肝炎、傳染性漿膜炎、流行性感冒、大腸桿菌病、禽出敗、禽流感等傳染病的預防。未經鴨病毒性肝炎、禽流感疫苗加強免疫的種鴨，其后代雛鴨進人育雛舍后要注射抗病毒性肝炎蛋黃液，育雛結束后再注射禽流感疫苗，其他疾病可使用抗生素防治。注意育雛舍的日常清潔衛生工作，每天應清除鴨糞，防止氨氣、二氧化碳中毒，并搞好舍內消毒工作。肉鴨出售完畢后，飼養場地可用生石灰、消特靈交叉消毒，間隔7～15天才能進入第二批肉鴨的飼養，這樣能較好地控制疾病的發生，提高肉鴨成活率和經濟效益。