自然養豬法中墊料管理至關重要，不僅關系到墊料使用的年限，而且會影響豬群的健康狀況。墊料管理的主要目的是使生豬的排泄物與墊料的處理能力達到平衡。在自然養豬的過程中，生豬的生長增重、氣候和環境的變化，都可能影響墊料的運行。那么墊料的管理應該注意哪些問題呢？

　　（1）進豬后如發現豬跑動時有墊料粉塵揚起，證明墊料干燥，要用噴淋水做濕度調整，直至豬跑動時墊料不揚起粉塵。

　　（2）正常運行的墊料，其中心部應是無氨味，濕度在50%～60%，手握不成團，較松，溫度在45℃左右；表層濕度在45%左右,溫度與環境溫度接近，一般為15℃～20℃；pH值7～8，否則不正常。

　　（3）注意排濕，墊料過濕,即表層超過45%，中心部墊料超過60%就會影響發酵效果，可采用自然通風或者強制通風的方法對圈舍墊料減濕，或添加較干的有機墊料調濕。

　　（4）如糞便比較集中時，要把比較集中的糞便分散開，或翻入表層墊料下20厘米～30厘米處，提高糞便降解速度。

　　（5）用藥注意：墊料上不得使用化學藥品和抗生素類藥物，因其對功能微生物具有殺傷作用，會使微生物活性降低，不利于菌種正常活動。但墊料外和舍外環境可用消毒劑進行正常的消毒，以抑制墊料外部環境中有害菌的生長、繁殖。

　　（6）豬出欄后墊料的管理：豬出欄后將墊料重新堆積發酵十分重要，主要是利用發酵產生的生物熱殺滅墊料中的雜菌，其作用相當于傳統工藝的轉群空欄后的沖洗消毒。

　　首先待生豬全部出欄后，用小型挖掘機或鏟車（也可用人工）將墊料從底部徹底翻一遍，在堆積發酵前根據具體情況，可以適當補充新墊料和墊料發酵基，重新混合堆積發酵。

　　其次是將表層確定不能用的墊料清出，制成有機肥,重新按原料比例發酵新墊料，方法同墊料發酵操作方法。發酵結束后，攤開墊料，鋪好發酵床，間隔24小時，確認表面不起粉塵，墊料溫度平穩后即可再次進豬飼養。