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蘋果疫腐病的病菌為多寄主，一般蘋果園中均有存在，該病菌喜高濕和低溫，只有當濕度接近100％，才會發病。當溫度超出25℃后，一般不再發病。2008年，由于6月中旬前，出現少見的低溫和高濕氣候，因而發生了20年最嚴重的蘋果疫腐病。當侵害根莖時，多隨灌溉水傳播。
防治方法：
1、疫腐菌在病殘體的土壤中越冬，所以清除病殘體，及時清理落地果實并摘除樹上病果、病葉集中深埋，是一項重要的防病措施。
2、由于疫腐病菌是以雨水飛濺為主要傳播方式，所以果實越靠近地面越易受侵染而發病，以距地60厘米以下的果實發病最多，一般最高不超過1.5米，適當采取提高結果部位和地面鋪草等方法，可避免侵染減輕為害。
3、改善果園生態環境，排除積水，降低濕度，樹冠通風透光可有力地控制病害。
4、 在發生嚴重的園片，當在5－6月出現低溫高濕氣候后，可在地面噴施100倍液的硫酸銅，以噴濕地面為準。在套袋前噴藥防治，重點是一米以下高度的果實。可使用防治霜霉病的各種藥劑。當侵害樹體根莖處時，使用100倍液的硫酸銅澆灌。
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