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果樹體內外都存在許多微生物，其中不少是有益的，可通過篩選應用有益微生物為果樹的生長發育、提高質量、增進抗性奠定良好基礎。菌肥的主要作用有：
一、改變根量，由細菌產生的IAA、GA、CTK使植物次生根增殖，增加有效根量。
二、軟化細胞壁，細菌產生的半聚糖醛酸轉化酶（PATA）可軟化根系細胞壁，從而促進營養吸收。
三、產生轉鐵產物，細菌產生的轉鐵產物可聚合或螯合土壤鐵，使之成為對果樹更有效的物質。
四、增加磷的有效性，細菌分泌出增加石灰性土壤中磷有效性的酸性物和螯合物。
五、阻止病害，細菌改變根際環境，從而抑制根系病原體的競爭力。
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