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大棚西葫蘆爛莖，主要是由兩種病害引起：一是蔓枯病。病菌主要從西葫蘆的莖節處侵入，病部初呈暗褐色，后逐漸變成黑色，病斑處易裂口，流出白色膠狀物，后期病莖干縮，縱裂似亂麻狀。二是軟腐病。多從西葫蘆的根頸部染病，莖蔓先呈水漬狀，后逐漸變軟，病部凹陷，內部組織腐爛，形成灰褐色黏稠狀物，有惡臭味。
針對西葫蘆爛莖的防止措施：
首先要避免棚內高溫高濕。西葫蘆蔓枯病及細菌性軟腐病在高溫高濕環境下發病重。棚室管理應注意加強通風降溫，白天棚溫控制在23℃左右，夜間控制在13℃左右。 其次要保護好植株傷口。避免在棚內濕度大時疏葉、摘瓜及打杈，并使用琥膠肥酸銅等銅制劑涂抹傷口。
再次要做好藥劑防治。對蔓枯病，可以用25%咪鮮胺乳油1500倍液或阿米妙收325克/升苯甲•嘧菌酯懸浮劑1000倍液噴霧防治。對細菌性軟腐病，可以用72%農用硫酸鏈霉素可溶性粉劑(1500倍液)加30%琥膠肥酸銅可濕性粉劑(500倍液)噴霧防治，每隔5～7天一次，連續防治2～3次。
另外可以采用高畦栽培，避免大水漫灌，可小水勤澆，結瓜后可將瓜墊起，防止潮濕染病。
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