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隨著科學技術的發展，辣椒育苗改過的冷床育苗為漂浮育苗，既節約成本和時間又便于管理，移栽大田后成活率高等優點，但育苗過程中值得注意以下幾個問題：
一、種子消毒處理：將選用的辣椒種子用50-55℃的溫開水浸泡15-20分鐘后，取出涼至半干用50%多菌靈可濕性粉劑拌種（用種子量的0.3‰）爾后再將種子播入裝好的的漂盤內。此做法主要防治辣椒病毒病及苗期的猝倒病和疫病。
二、基質的消毒處理：將選擇好的基質用50%的多菌靈或福美雙可濕性粉劑600倍噴打基質至濕潤后再裝入漂盤內。
三、育苗池營養液的配制：前期濃度宜低，用N:P:K(15:15:15)的0.15%復合肥液，中期到移栽前適當補充營養，營養液濃度可調至0.25%（即100千克水中兌0.25千克復合）。
四、脂2500倍+65%代森鋅800倍防治辣椒疫病、灰霉病、猝倒病發生及蚜蟲、薊馬為害。
五、適度的通風、揭膜煉苗：出苗后，當心葉1-2片時，早上8點至10點半揭膜煉苗，防徒長，培育蹲實、健壯苗，中午12點至4點半加強通風防止燒苗。
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