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1.輪作。芹菜軟腐病主要通過土壤等傳播，重茬地的土壤中易積累大量的病菌，連茬勢必易發病和加重病情。所以，應實行兩年以上的輪作。
2.栽培管理。由于軟腐病菌首先是從植株的傷口處侵入，因此，植株傷口是發病的重要因素之一。在定植、中耕、除草等各種操作過程中，應避免傷根或使植株造成傷口，及時配合噴施新高脂膜可防病菌侵入。定植不宜過深，培土不應過高，以免葉柄埋入土中；雨后及時排水；發現病株及時清除，并撒入石灰等消毒；發病期減少或停止澆水，防止大水漫灌。
3.及時防蟲。昆蟲也能在植株上造成傷口，導致發病。所以，應及時防蟲。
4.藥劑防治。發病初期就開始噴施新高脂膜500倍液配合72%農用硫酸鏈霉素可溶性粉劑或新植霉素3000－4000倍液或14%絡氨銅水劑350倍液或50%琥膠肥酸銅可濕性粉劑500－600倍液，每7－10天噴1次，連續噴3－5次。
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