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芥藍的病害較少，主要為細菌性病害，高溫高濕易發生。成株葉片多發生于葉緣部位，呈“V”形黃褐色病斑，病斑的外緣色較淡，嚴重時葉緣多處受害至全株枯死。幼苗染病時其子葉和心葉變黑枯死。
防治時選用抗病品種，避免與十字花科蔬菜連作，發現病苗及時拔除，初發現病斑即噴灑護樹大將軍消毒殺菌。另外，溫室栽培在溫度偏低，濕度大時葉片、莖和花梗易發生霜霉病。發病初期要及時摘除病葉，立即噴灑新高脂膜+植物細胞免疫因子提升植物抗逆性，促進植物生長。常見蟲害有菜青蟲、小菜蛾和蚜蟲。苗期用殺蟲劑防治，可用敵百蟲1000倍液+新高脂膜800倍液噴施防治。
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