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菜薹可與大蔥、韭菜、辣椒等抗耐病蔬菜輪作，較少病菌攜帶。生產上育苗時要選擇未受侵染的地塊作苗床，用草炭、塘泥、稻田土等無病土育苗。播種前用新高脂膜拌種可保溫、保濕、吸脹，提高種子發芽率，使幼苗健壯。
田間管理。根腫菌適宜在偏酸性土壤中生長，可施用消石灰提高土壤的pH值至中性，降低根腫病發病率。雨后及時排出田間積水，發現病株及時拔除并攜出田外燒毀，病穴四周噴施護樹大將軍進行消毒殺菌。
藥劑防治，發病初期澆灌15%惡霉靈水劑500倍液+根施通隔7天1次，連灌2～3次。并噴2-3次植物細胞免疫因子以寄主植物抗病機理及利用病菌毒性變異原理，控制植物生理性病害和侵染性病害繁衍。
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