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用四倍體西瓜作母本，授以二倍體的花粉粒，結出三倍體的西瓜種子（存在于四倍體的子房發育成的西瓜中）。小面積制種，按照西瓜開花習性，在每天下午按時套袋（防止自由傳粉）。第二天早晨進行人工授粉，同時掛上標記。大面積制種時則需要分區隔離，按一定比例培植四倍體母本和二倍體父本的植株，且要及時為母本去雄使四倍體植株接受二倍體父本植株的花粉，以產生三倍體種子備用。
以上是第一年的工作。在第二年，將三倍體種子與二倍體種子間種，自然或用人工的方法，讓二倍體花粉刺激三倍體植株的子房發育成西瓜，即成三倍體無籽西瓜。在大田生產中三倍體種子也可以不與二倍體種子間種，而是只種三倍體種子。在其植株開花期間，用低濃度2.4-D噴灑在花蕾上，使子房發育成無籽西瓜果實。
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