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一是選用無病種子，或種子消毒處理。
二是育苗中，低溫高濕是細菌性果實腐斑病的發病條件，應合理調控避免病害發生。
三是苗床用藥物消毒，可通過灌水加入過氧乙酸或雙氧水，也可用銅制劑噴灑，但注意濃度要低，不然會抑制幼苗生長。
四是出苗后及時查苗，拔除病苗。
五是定植時先對棚內進行消毒，移栽時用高美施30毫升或蔬爾壯50毫升對水30斤進行澆穴或灌根。
六是及時通風換氣，調控棚內溫濕度。
七是坐瓜后噴灑1000倍的銅高尚以保護果實。銅制劑的使用濃度要低，以免抑制幼瓜生長發育，也可噴用2000倍的鏈霉素預防。
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