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苦瓜穿孔病病菌均以菌絲體和分孢器隨病殘體遺落在土壤中存活越冬，以分生孢子作為初侵與再侵接種體，借助雨水濺射而傳播侵染致病。溫暖多濕的天氣有利于發病。品種間抗病性差異尚缺調查。
應對策略：1.選用抗耐病高產良種，播種前用新高脂膜拌種，可保溫、保濕、吸脹，提高種子發芽率，使幼苗健壯。驅避地下蟲害，隔離病毒感染。也可與種衣劑混用。2.未發病前噴施新高脂膜600倍夜，能自動形成一層肉眼看不見的高分子保護膜，優化植物吸水、透氣、透光質量。屏蔽病蟲撲食信號和削弱傳播媒介，抵抗和防御自然環境災害。3.選用農藥時必須選擇針對性強的藥劑輪流交替使用，配置農藥時必須配合新高脂膜一起使用，控制農藥揮發飄逸，防小雨水沖刷，降低每畝用藥量減半，提高防治效果多倍。
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