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苦瓜根系生長差造成黃葉有可能是根部病害引致，如苦瓜根線蟲病。該病由根線蟲侵染苦瓜所致，線蟲會通過鋒利的口針穿刺根部吸取當中的營養。與此同時，根線蟲的分泌物（唾液）也會一并進入根部組織而產生化學作用，根組織受害會膨大增生，須根和側根上形成許多大小不等的瘤狀物根結。根結初期呈乳白色，隨著危害的不斷加重逐漸變成黑褐色。根結會阻礙根系對營養和水分的吸收及輸送，因此地上部病株會出現黃葉黃化、生長衰退等現象，嚴重的甚至萎蔫、枯萎而死。
除了根線蟲危害造成的黃葉之外，還會傳播其它的病害。調查發現，在苦瓜根線蟲病發生嚴重的地方，葉枯病、炭疽病、蔓枯病等病害也比較嚴重。這是因為根線蟲在危害時會刺穿苦瓜的根部，根部因此會形成許多的傷口，為其它病害、病菌的入侵提供了途徑，與根線蟲共同危害加劇病情。
因此，預防苦瓜黃葉菜農要防好苦瓜根線蟲病。當前正值春季種植苦瓜的時期，相關的專家建議菜農可在苦瓜移栽前使用殺線劑進行防治，可有效控制土壤中的根線蟲繁殖危害。菜農可在苦瓜育苗嫁接前用盈輝殺線劑顆粒混肥撒施、溝施或穴施，持效期長達2-3個月。另外如果苦瓜在生長期受到危害，則可用盈輝殺線劑水劑兌水灌根、沖施。
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