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菌種培養室應定期檢查和熏蒸，制作菌種時應用棉球塞緊試管，外面包一層牛皮紙，以防害蟲侵入。如菌種已發現害蟲，必須經過熏蒸或低溫冷凍等方法處理，經檢查確定害蟲死亡后方可使用。
收菇后要認真清潔料面，除掉菇根及爛菇并集中深埋。對發病嚴重的老栽培室要進行熏蒸消毒（包括種菇用過的架子、工具等）。方法是：以每立方米容積用80毫升福爾馬林加入40克高錳酸鉀的比例進行熏蒸，裝高錳酸鉀的容器要深，其容積要比福爾馬林的總需要量大40倍以上。熏蒸時要密閉栽培室，兩天后打開門窗換氣，24小時后再將菌袋送入。也可用硫磺熏蒸，用量為每立方米5克，密閉48小時后通風兩天再進料。
收完3~4茬菇后及時清除料塊，并遠離菇房進行高溫堆肥發酵或噴藥，避免害蟲在廢料中繁殖。嚴禁新老培養塊同放一個菇房，以免害蟲傳播到新菇塊中。除培養料要經過熏蒸及二次發酵外，覆土材料也要經過高溫或藥劑處理。要適當澆水，特別是要避免向菇體直接噴水，澆水過多、菇床和菇房濕度過大會造成菌絲和菇蕾腐爛，易滋生害蟲。
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