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不少菜農在黃瓜拔園時有些“偷工減料”，不是將根部一起拔出來，而是從黃瓜的根基部割斷。有些菜農雖然也將根系拔出來了，但由于拔園時棚地較干，只將主根拔出來了，大部分的須根則斷留在土壤中。黃瓜拔園時一定要帶出根，若除根不徹底，很容易留下禍根，為以后病害的傳播埋下隱患。除根不凈弊端有二：
一是容易留下病菌黃瓜植株中不少患有根部病害，若根系拔除不徹底，病原菌會繼續滯留在土壤中，為害下茬蔬菜。因此，黃瓜拔園時一定要將根系全部拔出來，若土壤較干，可在拔園前輕澆一水，將土壤濕潤。必要時可采取挖除，以免須根斷留在土壤中。另外，在拔園前最好有病株的地方做好標記，拔園后將病穴用生石灰或藥液重點處理一下，以徹底消滅病菌。
二是容易將根系上的根結線蟲留在土壤中有根結線蟲的棚室，大量的根結線蟲會附帶在黃瓜根系上，若拔根不徹底，會繼續留在土壤中，為害下茬蔬菜。因為，黃瓜拔園時正是消滅根結線蟲的大好時機，可利用此機會將附在根系上的根結線蟲徹底帶出來。為此，黃瓜拔園時除根一定要干凈徹底。
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