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西紅柿的立枯病與莖基腐病同屬立枯絲核菌，都是土傳病害，兩者危害癥狀相同，但危害時期不同，在苗床上小苗期發生的為立枯病，在大苗期及初果期發生的為莖基腐病。
兩者發病時，都會侵染莖基部及西紅柿的主側根，病部呈暗褐色病斑，后使莖基部皮層失水干縮，致使根系吸收的水分不能正常運輸到植株上部，從而導致植株萎蔫死亡。
菜農在預防西紅柿立枯病時，應重點對育苗土進行消毒，做到無菌化育苗。在育苗時可用30%的多福（多菌靈與福美雙復配劑）可濕性按每平方米用藥量4克與土拌勻后使用；當發病時可用72.2%的福美雙水劑800倍液噴施預防。
對于莖基腐病，菜農在西紅柿定植時，先使用95%惡霉靈5000倍液進行蘸根，防止病菌的侵染。，同時不要過早地覆蓋地膜，防止棚內溫度較高時，地膜阻擋水分蒸發，地面濕度大，引起莖基腐病的大量發生。在覆蓋地膜前，每次澆水后都要及時劃鋤，降低地面濕度，抑制病害的發生。當西紅柿大苗侵染病菌后，菜農可以使用20%甲基立枯磷或30%苯噻氰1200倍液進行噴霧防治，對于發病嚴重的植株，菜農還可使用78%科博可濕性粉劑200倍液涂抹病部。
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