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越冬茬黃瓜容易發生病毒病、細菌性病害、霜霉病、根腐病，應及早采取防病措施。
定植前土壤消毒，預防土傳病害。黃瓜需肥量大，在定植前應結合每畝施10-15方雞糞進行高溫悶棚處理，以殺滅土壤中的病菌，是雞糞充分腐熟。在定植前2天，棚室要加大通風，防治棚內有害氣體危害黃瓜苗。定植時穴施生物菌肥，以菌抑菌，防止黃瓜根部病害的發生。
定植后分時期適時用藥防治病害。一般來說，黃瓜在定植后的4-5天，常發生根腐病和蔓枯病，應在定植后3-4天黃瓜緩苗后及時用藥灌根，預防根部病害發生。
黃瓜莖蔓長至1米左右時，容易發生細菌性緣枯病（爛頭頂），可以用琥膠肥酸銅加農用鏈霉素噴霧預防。需要注意的是，很多菜農誤認為爛頭頂是黑星病，大量噴施肥氟硅唑等唑類藥劑，結果導致黃瓜出現藥害。
霜霉病是黃瓜定植后常發生的病害，可在定植10-15天后，用甲霜靈或霜霉威鹽酸鹽噴霧預防一次；發病后可以用雙脲-錳鋅加農用鏈霉素防治。病毒病在黃瓜定植后也常發生，除調節棚室環境和防治傳毒害蟲外，及時用嗎胍-乙酸銅或寧南霉素噴霧防治。
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