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西瓜枯萎病病菌主要以菌絲、厚垣孢子或菌核在未腐熟的有機服或土壤中越冬，成為翌年主要侵染源。該菌能在土壤中存活6年，菌核、厚垣孢子通過家畜消化道后仍具活力。采收的病瓜經試驗，瓜柄、瓜瓤、瓜咱都可帶菌發病，所以，在田間邊吃瓜邊扔下病瓜的瓜皮、瓜籽，或從病田采收的帶菌種子作商品種子出售，播種帶病種子，這些都成為次要侵染源。以上這些傳病的因素均在土中，西瓜根的分泌物刺激帶病體，病菌的厚垣孢子萌發，從根毛頂端細胞間或根部傷口侵入，先在細胞內或薄壁細胞間生長后進入維管束，在導管內發育，分泌果膠酶和纖維素酶，破壞細胞，陰塞導管，干擾新陳代謝，致使西瓜萎蔫，中毒枯死。
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