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大豆菌核病多發生在7月到成熟前，發病的癥狀是莖基部首先出現濕潤狀綠色病斑，很快擴大，然后在病斑處長出綿毛狀菌絲體，表皮破裂成麻狀，莖稈內及表面產生黑色鼠糞狀“菌核”，此病特別在陰雨多濕、植株種植過密或連作情況下，發病更重，次病主要以菌核在土壤中，或在種子中越多，第二年在適宜溫度及多濕條件下長子囊盤，孢子隨風傳至大豆植株進行初次侵染，后再從病斑長出菌絲體造成重復侵染。
發生次病后可每公頃用40%菌核凈可濕性粉劑1500-2250克兌水450-600公斤噴霧，或每公頃用50%多菌靈可濕性粉劑500-600克兌水450-600公斤噴霧，為了有效地預防大豆菌核病，在播種前選種子時注意清除混在種子中的菌核，在發病地塊上將大豆植株燒毀，實行深翻，把菌深埋于地下，實行合理的輪作，盡量避免重迎茬。
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