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　　微生物肥料是活體肥料，它的作用主要靠它含有的大量有益微生物的生命活動來完成。只有當這些有益微生物處于旺盛的繁殖和新陳代謝的情況下，物質轉化和有益代謝產物才能不斷形成。因此，微生物肥料中有益微生物的種類、生命活動是否旺盛是其有效性的基礎，而不像其它肥料是以氮、磷、鉀等主要元素的形式和多少為基礎。
　　微生物肥料還有一些其它肥料沒有的特殊作用：
　　1.提高化肥利用率的作用
　　微生物肥料在解決化肥利用率低方面有獨到的作用。根據中國作物種類和土壤條件，采用微生物肥料與化肥配合施用，既能保證增產，又減少了化肥使用量，降低成本，同時還能改善土壤及作物品質，減少污染。
　　2.在綠色食品生產中的作用
　　隨著人民生活水平的不斷提高，尤其是人們對生活質量提高的要求，全球都在積極發展綠色農業（生態有機農業），生產安全、無公害的綠色食品。近年來，中國開始使用具有特殊功能的菌種制成多種微生物肥料，不但能緩和或減少農產品污染，而且能夠改善農產品的品質。
　　3.微生物肥料在環保中的作用
　　利用微生物的特定功能分解發酵城市生活垃圾及農牧業廢棄物而制成微生物肥料是一條經濟可行的有效途徑。目前已應用的主要是兩種方法：
　　（1）將大量的城市生活垃圾作為原料經處理由工廠直接加工成微生物有機復合肥料。
　　（2）工廠生產特制微生物肥料（菌種劑）供應堆肥廠（場），再對各種農牧業物料進行堆制，以加快其發酵過程，縮短堆肥的周期，同時還提高堆肥質量及成熟度。
　　4.改良土壤作用
　　微生物肥料中有益微生物能產生糖類物質，占土壤有機質的0.1%，與植物粘液，礦物胚體和有機膠體結合在一起，可以改善土壤團粒結構，增強土壤的物理性能和減少土壤顆粒的損失，有利于提高土壤肥力。