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　　一是感病嚴重的棉籽 枯萎病、黃萎病是制約棉花產量的頑癥，而棉籽又是病菌的載體，病菌可以隨著棉籽迅速傳播，因此，枯萎病、黃萎病嚴重地區的棉種，不能調入感病輕的棉區，更不能調入無病棉區。

　　二是伏前桃和晚秋桃棉籽 伏前桃和晚秋桃生長發育不良，成熟度差，鈴重量輕，種子發芽率低，長勢弱。

　　三是剝桃芽的棉籽 有些棉農對發育較為充分的伏桃，仍然有搶墑剝桃芽的陋習。凡剝桃芽的棉籽，由于沒有充分成熟，不能做種。

　　四是噴施了乙烯利的棉籽 噴施乙烯利雖然可以促使棉花早熟3～4天，但對棉籽損傷較大，致使其發育不全，不能做種。

　　五是退化嚴重的品種 棉花是異交作物，異交率在8％左右，有些棉農多年沒有更換新的品種，棉種純度只有70％-80％，品質退化嚴重，繼續使用將會導致減產、品質下降。

　　六是與農藥、化肥一起存放的棉籽 有些農戶常常將棉籽與農藥、化肥一起長期存放于一個倉庫，由于通氣不暢，農藥、化肥散發的有毒氣體會損傷棉籽正常的生理機能，造成發芽率銳減。

　　七是儲存年代過久的棉籽 存放半年的棉種一般發芽率在80％以上，在無低溫冷藏設備的情況下，棉種的壽命與儲存年代呈反比，即存放年代越久，棉種壽命越短。

　　八是水泥曬場上曬過的棉籽 在水泥曬場上曬含水量較高的棉籽，容易造成棉種生理機能失調，部分棉籽形成啞子，失去發芽能力。

　　九是機械損傷過重的棉籽 精加工的包衣棉種中，機械損傷率應控制在2％以內。破籽率超過2％以上的棉籽，受藥物浸染過重，對發芽率影響很大，破籽率過高就不宜于做種用。

　　十是退化籽 棉籽里往往發現又大又白的多毛大白籽以及無毛的光籽、稀毛籽、綠籽、稀毛綠籽、小籽等，這些都是退化籽，上面長的纖維比較短，品質較差。用這些種子播種所產生的后代，產量減少，纖維品質下降，因此，在播種前必須進行嚴格挑選，把這些種子淘汰掉。