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種子帶病菌現象越來越嚴重，黃瓜種子上常見的病菌有枯萎病、炭疽病、立枯病、角斑病等病原菌，因此在催芽前應該先對黃瓜種子進行表面消毒。主要方法有以下三種。
①溫湯浸種法：將干種子投入55℃～60℃溫水中不斷攪拌，處理約10分鐘，待水溫降到28～30℃，浸種4～6小時，淘洗干凈后進行催芽。
②藥劑消毒法：用0.1％的多菌靈鹽酸液浸種1小時，清水沖洗后，再用清水浸種4小時，即可浸種催芽。
③種膜劑處理法：有些黃瓜種子在出售時已經由制種單位用含殺菌劑和多種微量元素的種膜進行了處理，用種膜劑處理有良好的殺菌效果。經處理的種子可直接浸種催芽，也可直播。
種子經消毒處理后，撈出清洗一遍，去水甩干，用布包好，置于27～30℃下催芽，催芽過程中要常翻動種子，使種子受溫均勻，經24小時左右便開始出芽，種子露出根尖時，溫度可適當降低，維持22～26℃，經兩天左右可以出齊。如在發芽后恰遇陰天不能播種，則可用濕毛巾將種子包好放在冷涼處10℃左右，抑制幼芽繼續生長，這種做法叫“蹲芽”。
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