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種子純度是指雜交種后代表型的一致性。造成玉米種子純度低的主要原因有：①生物學混雜。隔離區條件和去雜去劣未達到國家要求的標準，異品種傳粉造成生物學混雜。②制種去雄不及時。有的親本自交系雄穗在苞葉內就開花散粉，未做到及時去雄，導致自交。③種子收獲、脫粒、貯存時把關不嚴，未嚴格按質量標準剔除雜穗；脫粒機、精選機等清理不徹底，造成機械混雜。
玉米制種的每一個重要環節都會導致種子發芽率降低。制種田親本貪青晚熟，灌漿不飽滿，含水量高。種子在乳熟期遭遇低溫、冷害、霜凍，被迫收割，果穗收獲以后在曬場上遭遇凍害，均可降低種子發芽力。種子入庫后，存放在陰暗、潮濕等封閉不良的庫房內等。這些因素均可導致種子發芽率降低。
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