溫度是決定種蛋在孵化過程中胚胎能否正常發育的首要條件。只有在溫度適宜于胚胎發育的條件下，種蛋才能正常孵化。溫度過低，胚胎的新陳代謝降低，導致胚胎發育遲緩或停止發育，最后引起胚胎死亡。溫度過高，鴨胚胎新陳代謝加快，細胞分化加劇，發育期縮短，可能造成胚胎大量死亡。在42℃高溫條件下，鴨胚胎在2～3小時內全部死亡。可見，溫度是決定孵化率高低的最關鍵因素。

　　在實際孵化過程中，由于胚胎不同發育階段的代謝強度存在較大差異，代謝所產生的熱量顯著不同。因此，建議在孵化過程中最好采用變溫孵化。在孵化初期(1～5天)，孵化溫度為38.4～38.8℃；孵化中期(第6天～出雛前5天)的孵化溫度為37.8～38.2℃；孵化后期(出雛前4天～出雛)的孵化溫度為37.0～37.5℃。

　　如果生產規模小，種蛋量少，不可能在孵化機內一次性裝滿種蛋，進行整機孵化。此時，孵化機內通常裝有3～4批種蛋在同時孵化。在孵化機內裝有多批種蛋的情況下，常常采用恒溫孵化技術。采用恒溫孵化時，在孵化的第1～24天內，種蛋的適宜孵化溫度是37.8℃。在孵化后期（25～28天），胚胎發育開始成熟，此時不需要繼續翻蛋，種蛋需要由孵化機轉入到出雛機中，此過程稱為落盤，標志著孵化進入了出雛期。在出雛期，孵化溫度應維持在37.0～37.5℃之間。