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防污染種子貯藏前要徹底清除其中的作物莖、葉、雜草、沙子、土粒等雜物，并對貯藏室以及貯藏用具進行嚴格的消毒。
防霉變防霉變關鍵是要控制好種子本身所含的水分，禾谷類作物種子含水量應為12%～13%，油料作物種子應為8%～9%。
防高溫貯藏種子的環境溫度最好在10℃左右，切忌把種子放在距火爐較近的地方。
防潮濕種子口袋不宜直接放在地上，應用磚石或木板將種子口袋墊高50厘米以上。貯藏室要注意通風換氣。
防窒息種子不能用塑料袋貯存。
防腐蝕種子不能與農藥化肥等同室存放。
防煙熏煙氣（尤其是煤煙氣、柴草煙氣）較大的房間（如廚房）不能存放種子，貯藏室也不宜靠近廚房。
防混雜不少作物的種子與一般食用糧食不易區分，稍不注意就會造成種糧混雜，很容易將種子當糧食吃掉，造成很大的損失；也很容易把糧食當種子播種，引起嚴重減產。
防蟲鼠害蟲、老鼠不僅會直接吃掉種子，而且還會污染種子，使種子變質，發芽率降低。因此，要采取相應的措施消滅害蟲和老鼠。
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