據了解，水稻惡苗病從苗期至抽穗期均可發生。苗期發病病苗比健苗細高，葉片、葉鞘細長，葉色淡黃，根系發育不良，部分病苗在移栽前后不久死亡。帶菌種子是該病的主要侵染源，其次是病稻草。病菌以分生孢子附著在種子表面或以菌絲體潛伏在種子內越冬。在水稻浸種過程中，病種子上的病菌會污染無病種子。有研究表明，水稻惡苗病病菌的浸染能力并不強，生產上惡苗病病菌主要在催芽期間侵染芽谷，此時谷種堆積、溫濕度適宜，由部分谷種攜帶的惡苗病孢子大量萌發，不僅侵染原來帶菌的谷種，還浸染原來不帶菌的谷種，使染病率大幅度提高。一般催芽的比不催芽的發病重，催芽時間越長發病越重。
　　播種帶菌種子或用病稻草做覆蓋物，當稻種萌發后病菌從芽鞘侵入幼苗引起發病，嚴重的引起苗枯。病死植株上產生的分生孢子可傳播到健苗上，從莖部傷口侵入引起再侵染。雖然惡苗病病菌能引起再侵染，但病菌主要在前期即水稻芽鞘期侵入，以后在田間病菌侵染健康稻苗的可能性很小。
　　播前用藥浸種是防治惡苗病的最有效措施。用咪鮮胺、二硫氰基甲烷等藥及其復配劑浸種，對水稻惡苗病有良好防效。一般可以用25％咪鮮胺乳油2000-4000倍液浸種。
　　據了解，咪鮮胺用藥量過低或用藥濃度過低會導致防效下降，造成惡苗病發生。浸種時間過短，也會導致防效下降。一般正常溫度條件下浸種48小時，溫度偏低時浸種60小時才能保證防效。另外，水稻惡苗病病菌對咪鮮胺已產生了一定的抗藥性，用咪鮮胺浸種時應適當增加用藥量，以提高防效。
　　已發生惡苗病的水稻秧苗，使用殺菌劑沒有治療作用，應將病株及時拔除。水稻發病嚴重苗不夠的，如果缺苗較少，可以借苗移栽；如果缺苗較多，可以選用適宜品種直播種植或在麥田套種。沭陽等地麥后直播水稻，宜選用生育期較短的武運粳21號等中熟中粳稻品種，并力爭在6月15日前播種結束。