甘薯育苗期病害主要有黑斑病、軟腐病和莖線蟲病。它們主要以薯種土壤、烘肥和澆水進行傳播。
　　一、黑斑病
　　甘薯黑斑病又稱黑疤病，它是苗期爛床的主要病害之一。在薯塊上最初產生黑褐色圓形凹陷小斑，以后病斑擴大為不規則大病斑，受害的薯塊組織內呈青綠色，味苦有毒，人、畜都不能食用。病苗黃弱，苗基部形成圓形或梭形黑色病斑，嚴重者變黑枯死。
　　防治方法：1.選用無病而具有該品種特征的夏甘薯作種，剔除有凍害、濕害、病害和破傷的薯種。2.用50%多菌靈800-1000倍液浸種10分鐘即可排種，或排種后再用50%多菌靈800倍液均勻地噴灑苗床防治。3.用51-54℃的溫水，浸種10-15分鐘，可殺死瓜種表面附著的病菌，但要注意受過冷害的薯種不能浸種，以免加重腐爛。4.在用火炕育苗的地區，排種后3-4天內床溫要保持35-38℃(瓜種底部土壤溫度)，這樣既可催芽，又能殺死黑斑病菌。
　　二、軟腐病
　　甘薯軟腐病菌侵染薯塊后使薯塊變軟腐爛，在床土上面覆蓋著一層灰白色的病菌，床土也稍凹陷。主要由薯種在貯藏期或育苗期受到冷害或碰傷破皮引起的。當溫度在15-23℃時，病菌最容易侵染受傷的薯種，侵入后，雖在較低的溫度下，薯種仍繼續腐爛。
　　防治方法：薯種上炕時應嚴格挑選，不在受冷害的薯堆上選種。對有輕微冷害的薯種，出苗前床溫不宜過高，應保持在28℃左右，以促使薯種恢復活力和控制病菌繁殖。如果遇到發病，要及時鏟除病薯和病土，同時再排上無病的薯種，并換上凈土，以減少病害的蔓延。