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隔離防混雜苦瓜是異花授粉作物，留種田附近最少需隔2公里以外，才能種其他苦瓜品種。否則不同品種之間容易自然串粉雜交，使留種混雜不純。
人工輔助授粉苦瓜在開花期，遇上陰雨天氣，不利于異花授粉，要進行人工輔助授粉，才能提高留種產量。
在旺盛結果期苦瓜留種應結合采果上市同步進行。當苦瓜初收2～3次后，開始進入旺盛結果期，便可進行留種。
選種株應選擇生長健壯，無病蟲害，結果多，瓜形端正，具有本品種特征的植株作留種株。
挑選種瓜要選擇靠近基部的2～3個果作種瓜。將其余的幼嫩果實及早摘除，集中養分長種瓜。
適時采收當種瓜已充分成熟尚未轉黃時便應采收，用刀剖開瓜蒂部深約5～7厘米，取出內部種子，果實仍可上市出售。此時瓜瓤已轉鮮紅色，即為成熟象征。
洗種與貯藏苦瓜種種子取出后，應隨即用清水洗去種瓤，把種子攤開陰干后，裝入疏布袋，放在通風干爽處貯存。也可把種子用玻璃盅盛裝，先在玻璃盅里放入新鮮谷殼灰厚約3～5厘米，再放入種子，上面再用谷殼灰覆蓋，然后放在陰涼通風處貯存。
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