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因地制宜對含硫高的土壤和銹水田，不宜施用生物菌肥，因為硫能殺死生物菌。對于翻漿的水田，一般不用撒施，用噴霧的方法效果更明顯。
因溫制宜施用菌肥的*溫度是25℃～37℃，低于5℃、高于45℃，施用效果較差。對高溫、低溫、干旱條件下的農作物田塊不宜施用。同時還應掌握固氮菌最適宜土壤的含水量是60％～70％。
因混制宜特別注意，不應將菌肥與殺菌劑、殺蟲劑、除草劑和含硫的化肥（如硫酸鉀等）以及稻草灰混合用，因為這些藥、肥很容易殺死生物菌。或者先施菌肥，隔48小時后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。還應防止與未腐熟的農家肥混施。
因量制宜對于多年來施用化肥的田塊，施用生物菌肥時不能大量減施化肥和有機肥，因農作物對化肥產生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子適應，因此，其取代量應做到第一、第二、第三年分別取代30％、40％和60％，磷、鉀肥只能補足，不能減少。
因時制宜生物菌肥不是速效肥，在作物的營養臨界期和營養大量吸收期前7～10天施用，效果*。
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