棉種萌發(fā)前侵染而造成爛種，萌發(fā)后末出土前被侵染而引起爛芽。棉苗出土后受害，初期在近土面基部產(chǎn)生黃褐色病斑，病斑逐漸擴展包圍整個基部呈明顯縊縮，病苗萎蔫倒伏枯死。拔起病苗，莖基部以下的皮層均遺留土壤中，僅存尖紉的鼠尾狀木質(zhì)部。子葉受害后，多在子葉中部產(chǎn)生黃褐色不規(guī)則形病斑，常脫落穿孔。此病發(fā)生后常導(dǎo)致棉苗成片死亡。在病苗、死苗的莖基部及周圍、土面常見到白色稀疏菌絲體。
　　一、傳播途徑與發(fā)病條件
　　病菌以分生孢子在棉籽短絨上越冬，少數(shù)以菌絲體潛伏于棉籽種皮內(nèi)或子葉夾縫中越冬，種子帶菌是重要的初侵染源。然后，病部產(chǎn)生分生孢子借風(fēng)雨、昆蟲及灌溉水傳播。棉鈴染病病菌侵入棉籽。發(fā)病的葉、莖、葉落入土中，造成土壤帶菌，引起苗期發(fā)病、又可經(jīng)雨水沖濺侵染棉鈴，引起發(fā)病。
　　二、癥狀
　　棉苗立枯病在我國各主要棉區(qū)都有發(fā)生，而且每年均可在田間出現(xiàn)，使穴棉苗的死亡，棉田出現(xiàn)缺苗斷垅，是世界性的病害之一。主要癥狀是：幼苗出土前造成爛子和爛芽。幼苗出土以后，則在幼莖基部靠近地面處發(fā)生褐色凹陷的病斑；繼則向四周發(fā)展，顏色逐漸變成黑褐色；直到病斑擴大縊縮，切斷了水分、養(yǎng)分供應(yīng)，造成子葉垂萎，最終幼苗枯倒。發(fā)病棉苗一般在子葉上沒有斑點，但有時也會在子葉中部形成不規(guī)則的棕色斑點，以后病斑破裂而穿孔。病原菌由菌絲體繁殖，菌絲體在生長初期沒有顏色，后期呈黃褐色，多隔膜，這是立枯病菌最易識別的特征。發(fā)病規(guī)律以低溫多雨適合發(fā)病，立枯病菌侵入棉苗最適土溫為17～23℃，23℃以上其致病力逐漸下降，至34℃棉苗即不受侵害，濕度越大發(fā)病越重。
　　三、防治方法
　　1.苗床土壤處理
　　（1）代森鋅。按每平方米用量3～4克，混拌適量的細土，均勻的撒入土壤中。
　　（2）五氯硝基苯。每平方米6克的用量混拌適量的細土，制成毒土，撒于土壤中。
　　（3）福爾馬林。35%～40%的福爾馬林溶液，每平方米土壤50毫升加水6～12升，在播種前7天均勻澆在土壤，再用塑料膜覆蓋密封3～5天，翻晾后再播種。
　　（4）多菌靈。每立方米土加50%多菌靈粉40克，拌勻后用塑料薄膜覆蓋2～3天，揭膜后使藥味揮發(fā)即可播種。
　　2.農(nóng)業(yè)控制
　　（1）適時播種。選用質(zhì)量好的棉種，平均氣溫在20℃以上時播種為宜，早播引起棉苗根病的決定因素是溫度，而晚播引起棉苗根病的決定因素則是濕度。
　　（2）深耕冬灌，精細整地。北方一熟棉田，秋耕宜早，冬灌應(yīng)爭取在土壤封凍前完成；南方兩熟棉田，要在麥行中深翻冬灌，播種前抓緊松土除草清行，棉田冬翻二次、播前翻一次的棉田，苗期發(fā)病比沒有翻耕的棉田為輕。
　　（3）深溝高畦，排水降漬。南方棉區(qū)春雨較多，棉田易受漬澇，這是引起大量死苗的重要原因。棉田深溝高畦可以排除明澇暗漬，降低土壤濕度，有利于防病保苗。
　　（4）輪作倒茬防病。以稻棉輪作2～3年最好，防病效果在50%以上。
　　（5）溫湯浸種。種子經(jīng)55℃的熱水浸30分鐘或60℃的熱水浸20分鐘，發(fā)病率可降低50%左右。
　　3.田間噴霧防治
　　（1）棉增靈和多菌靈。棉苗出來后用0.16%棉增靈（鹽酸小檗堿黃銅）800倍、50%多菌靈可濕性粉劑800倍、50%福美雙可濕性粉劑800倍，順棉苗主莖噴霧，使藥液順主莖滴入土壤，每3～5天一次，連續(xù)3次，防治效果為50%左右。
　　（2）半量式波爾多液噴灑。采用200倍半量式波爾多液噴灑，順棉苗主莖噴霧，使藥液順主莖滴入土壤，10～15天一次，2～3次，防病效果好。200倍半量式波爾多液配置方法為：硫酸銅：石灰：水=1：0.5：200。具體配制方法為：將硫酸銅溶于多量水（十分之九的水）中，配成稀硫配銅液；把石灰溶于少量水（十分之一的水）中，配成濃石灰乳；然后將稀硫酸銅液緩慢地倒入濃石灰乳中，邊倒邊攪即成（一定不能將石灰乳倒入硫酸銅液中）。為了保證波爾多液的質(zhì)量，必須注意幾個問題：A配制時不能使用金屬容器；尤其是鐵器；B要用優(yōu)質(zhì)的生石灰（即快狀石灰），盡量不用消石灰，若用消石灰，也必須用新鮮的，而且用量要增加30%左右；C硫酸銅最好是純藍色的，不應(yīng)夾帶綠或黃綠色雜質(zhì)；D水溫不宜過高，一般以不超過氣溫為度。