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為了殺死辣椒種子表皮病菌及鈍化病毒，以達到減輕病害發生的目的，在種子浸種催芽前最好進行種子滅菌消毒。可采取如下方法：一是種子放入50~55℃熱水中，恒溫浸種15~20 分鐘，并不斷地攪動，待水溫下降時加入熱水，使水溫保持在50~55℃之間，20分鐘后加入冷水降到20~30℃。另一種方法時用10％磷酸三鈉溶液浸泡 20分鐘后用清水沖洗干凈，種子消毒后，放入25℃左右水中。之后在室溫下浸泡12小時左右，然后進行浸種催芽。
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