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自然交配有大群配種和小群配種兩種方式。
1.大群配種
將公母鴨按一定比例合群飼養(yǎng)，群的大小視種鴨群規(guī)模和配種環(huán)境的面積而定，一般利用池塘、河湖等水面讓鴨嬉戲交配。這種方法能使每只公鴨都有機(jī)會(huì)與母鴨自由組合交配，受精率較高，尤其是放牧的鴨群受精率更高，適用于繁殖生產(chǎn)群。但需注意，大群配種時(shí)，種公鴨的年齡和體質(zhì)要相似，體質(zhì)較差和年齡較大的種公鴨，沒(méi)有競(jìng)配能力，不宜作大群配種用。
2.小群配種
將每只公鴨及其所負(fù)責(zé)配種的母鴨單間飼養(yǎng)，使每只公鴨與規(guī)定的母鴨配種，每個(gè)飼養(yǎng)間設(shè)水欄，讓鴨活動(dòng)交配。公鴨和母鴨均編上腳號(hào)，每只母鴨晚上在固定的產(chǎn)蛋窩產(chǎn)蛋，種蛋記上公鴨和母鴨腳號(hào)。這種方法能確知雛鴨的父母，適用于鴨的育種，是種鴨場(chǎng)常用的方法。
自然交配是讓公母鴨在有水的環(huán)境中進(jìn)行自行交配的配種方法。配種季節(jié)一般為每年的2～6月，即從初春開始，到夏至結(jié)束。
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