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絲瓜留種田需要有500~1000米的隔離區。選留絲瓜種子，一般以株選效果較好。選留種子時，選擇具有本品種特性的植株。一般要求節間短、節間均勻、葉片大小適中、葉柄短、結瓜早、絲瓜條上下粗細均勻的植株留作種株，在生育中期人工受粉后套袋，防止雜交。套袋的方法：在雌花開放時，用自花的雄蕊對花后，套上小紙袋，花冠萎縮后就可去掉，把種瓜作好記號，不要誤采。一般每株可留種瓜3~4條。
瓜種采收時間最好在植株自然枯死后采瓜剖種，種子曬干后收藏。
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