嚴格執行消毒制度，杜絕一切傳染來源，是確保鴨群健康的一項十分重要的措施。

　　鴨舍的消毒步驟：第一步先進行機械清掃，第二步用化學消毒液消毒，第三步于進鴨前5-7天進行熏蒸消毒，第四步進鴨前1天用無味消毒液消毒。

　　在尚未發生疫病時的鴨舍預防性消毒一般每月1次。發生疫病時，鴨舍要進行臨時消毒和終末消毒，一般每周2次，且濃度要稍大。

　　常用的消毒藥有：

　　1、復合酚類：菌毒敵、農家福、菌毒滅、來蘇兒等，對病原微生物有較好的殺滅作用，使用方便。但對皮膚、粘膜有一定腐蝕性。

　　2、醛類：戊二醛、環氧乙烷、甲醛等屬高效消毒劑，其氣體或液體均有強大殺滅微生物的作用。但對皮膚、粘膜有較強刺激作用。

　　3、含碘化合物：碘福等，生產成本高，且碘有升華特性，放置時間較長時有效碘含量降低，直接影響消毒效果。

　　4、季胺鹽類：消毒-99、百毒殺等，對細菌繁殖體和親脂性病毒有較好殺滅作用。但對細菌芽孢和親水性病毒不能殺滅。

　　5、含氯制劑：84消毒液、菌毒凈、優氯凈等。可殺滅所有類型微生物，可用于飲水消毒。缺點是易受有機物及酸堿度影響，能漂白、腐蝕物品。

　　6、過氧化類：過氧乙酸等，消毒效果較好，價格便宜，但有一定腐蝕性。

　　因此，在選用消毒劑時，要多種輪換、交叉使用。

　　消毒與應激的矛盾。消毒對鴨群是一個應激，要知道消毒工作需保持長期性，不可心血來潮搞突然襲擊。保證消毒工作的長期性和穩定性，就應從日常入手，從育雛開始養成習慣。